Es dauert allerdings noch einige Zeit, bis 1828 Haubold versucht, die erste "Vereinigung homöopathischer Ÿrzte" ins Leben zu rufen. 

Am 10. August 1829 endlich wird der "Leipziger Verein Homöopathischer Ÿrzte" unter Vorsitz von Moritz Müller ins Leben gerufen; Haubold wird Sekretär der Vereinigung. Obwohl Hahnemann Müller wegen seiner Vermischung von Allopathie und Homöopathie mißtraut, verlaufen die Versammlungen, 1830 in Leipzig, 1831 in Naumburg und erneut 1832 in Leipzig, ruhig und harmonisch. Im Jahr 1832 erscheint die zweite Zeitschrift auf dem Markt, es ist die "Allgemeine Homöopathische Zeitung", und im November des betreffenden Jahres ist das erste homöopathische Krankenhaus fertiggestellt. Müller möchte Chefarzt werden, wohingegen Hahnemann Schweikert bevorzugt. 

Es kommt zu Intrigen, und die Spannung zwischen den echten Homöopathen und den "Halbhomöopathen", wie sie in dieser Zeit genannt werden, steigt. Schweikert und Müller sollen sich das Direktorat teilen, und es kommt zu einer offenen Auseinandersetzung, wegen der Schweikert später Leipzig verläßt. Ins Direktorat des Krankenhauses werden Müller, Schweikert, Haubold, Hartmann und Franz gewählt. 

Hahnemann lebt zu dieser Zeit zurückgezogen in Köthen und verfolgt das Treiben in Leipzig argwöhnisch. Von August 1829 bis Ostern 1830 beschäftigt er Ernst Rückert als Assistenten. Rückert und von Gersdorf helfen ihm bei der Bearbeitung der "Chronischen Krankheiten". 

Im Jahr 1832 kommt der allopathische Arzt Dr. Lehmann nach Köthen und arbeitet mit Hahnemann in Art einer Gemeinschaftspraxis, um Homöopathie zu studieren. Lehmann erhält vom Fürsten von Anhalt-Köthen ebenfalls die Erlaubnis zu dispensieren, arbeitet auch in Köthen weiter, als Hahnemann nicht mehr aus Paris zurückkehrt und stellt für ihn Arzneien her, die er nach Paris verschickt. 

Kurz vor seinem Umzug von Köthen nach Paris stellt Hahnemann 1834 noch einen neuen Assistenten ein. Es ist der Medizinstudent Jahr, der ihm nach Paris folgt und Hahnemann ein umfangreiches Repertorium anfertigt: "Symptomencodex der Homöopathischen Arzneien". Leider beklagt sich Hahnemann bei seinem Freund Bönninghausen über die Nachlässigkeit seines Gehilfen, so daß zu befürchten ist, daß vieles in diesem Werk nicht Hahnemanns Verständnis von Zuverlässigeit entspricht. Im Jahr 1833 kommt es zum offenen Bruch zwischen den beiden Lagern der Homöopathie in Leipzig. M. Müller und Schubert behandeln die Tochter eines Gönners der Homöopathie; sie stirbt unter der Behandlung, in der Blutegel und andere allopathische Verfahren angewandt worden waren. 

Die Folge ist ein angespannter und polemischer Briefwechsel zwischen Hahnemann in Köthen und den Leipziger Halbhomöopathen, der bis zu Hahnemanns Pariser Zeit anhält. In der Zeit zwischen dem Tod seiner ersten Ehefrau (1830) und seinem Weggang nach Paris zieht sich Hahnemann mehr und mehr zurück. Er steht mehr oder weniger nur noch mit Ernst Stapf, Gross, von Gersdorf und Clemens von Bönninghausen in Verbindung. 

In Leipzig entwickelt sich eine Richtung innerhalb der Homöopathie, deren Vertreter versuchen, sie in die herkömmliche Medizin zu integrieren. Auf dieser Grundlage entwickelt sich die "naturwissenschaftlich-kritische Richtung" der Homöopathie gegen Ende des letzten Jahrhunderts, die die Verbreitung der Homöopathie in Deutschland beeinflußt hat und ihren maßgeblichen Untergang eigenlich erst mit der Schließung des Robert-Bosch-Krankenhauses in Stuttgart Mitte der siebziger Jahre unseres Jahrhunderts erlebt hat. 

Das Robert-Bosch-Krankenhaus war eine der großen Einrichtungen für Homöopathie in Württemberg *; es wurde 1940 eröffnet, und bekannte Namen innerhalb der Homöopathie der Nachkriegsjahre haben dort gearbeitet, wie zum Beispiel: Hermann Schlüter 1940-45, Alfons Stiegele 1940-46, Erich Unseld 1940-45 und 1949-55; der bekannteste ärztliche Direktor war wohl Otto Leeser 1949-55 sowie sein Oberarzt Julius Mezger. Das Krankenhaus hatte eine Poliklinik, in der Oswald Schlegel 1949-55, Hans Ritter 1957-68 und Konrad Hötzer 1969-73 arbeiteten, um nur einige Namen zu nennen. Von vergleichbarem Rang und bis heute bestehend ist in Bayern das vor über hundert Jahren gestiftete Krankenhaus München -Harlaching, heute in Gauting 

Im Nachruf auf Prof. Hans Ritter schreibt Paul Mösinger aus Heilbronn in der Allgemeinen Homöopathischen Zeitung 1988, S.122: "... im weiteren Fortgang der Homöopathie gelang der naturwissenschaftlich-kritischen Richtung nicht, die Homöopathie in die übrige Medizin zu integrieren". Dr. Mösinger muß es wissen, denn er verstand seine Vorträge in eben dieser Absicht. Mit der klassischen Homöopathie in Deutschland nach dem zweiten Weltkrieg verbinden sich deshalb eher Namen wie z.B. Georg von Keller Tübingen, Otto Eichelberger München und Kurt Illing Kassel, um nur einige Namen zu nennen. 

Obwohl Hahnemann uns durch seine Buchveröffentlichungen präzise Angaben zur Ausübung der Homöopathie an die Hand gegeben hat, haben sich immer wieder hybride Formen entwickelt, die mehr oder weniger Einfluß auf das "Werden" dieser jungen Wissenschaft nehmen konnten. So sind immer wieder Verquickungen mit anderen Wissenschaften, Weltanschauungen etc. en vogue. Diese Versuche, Homöopathie "perfekter" oder aber auch "leichter lernbar" zu machen, sind verständlich, jedoch im großen und ganzen eher nur peinlich im Zusammenhang mit der Tatsache, daß Homöopathie den Anspruch hat Heilung a priori bewerkstelligen zu können.