Zwanzigjährig geht er nach Leipzig, und ernährt sich von da an selbst. Die Ausbildungsvoraussetzungen in Leipzig an der Fakultät der Medizin sind abstrakt, Patienten sieht er nicht. Er wechselt seinen Wohnsitz und beginnt damit einen Weg, den er bis in seine Köthener Zeit nicht wieder verläßt. Er zieht umher. Diesmal nach Wien, zu Quarin, einem Medizinreformer seiner Zeit. Er wird Privatassistent. 

Im Jahr 1777 erhält er eine Anstellung als Bibliothekar und Hausarzt des Baron v. Bruckenthal in Hermannstadt (Rumänien). Er betreibt Studien über Malaria in den sumpfigen Tiefebenen Siebenbürgens, die dort endemisch ist. Hier tritt er in die Freimaurerloge ein. 1779 kehrt er nach Deutschland zurück und beendet sein Medizinstudium an der Universität in Erlangen. Die Dissertation trägt den Titel "Conspectus affectuum spasmodicorum aetiologicus et therapeuticus" (Ursache und Therapie von Krampfzuständen). Seine ersten Praxen sind erfolglos. Er wechselt wieder und wieder seinen Wohnort. Seine erste Ehe schließt er mit der Apothekertochter Henriette Küchler 1782 in Dessau. 

In den nächsten Jahren hält er sich und seine Familie mit Unterrichten und Übersetzen über Wasser. Die jungen Jahre sind voller Entbehrung. Seine Arbeiten werden allerdings in der Fachwelt anerkannt. Er gilt als kenntnisreich und begabt. Unbefriedigende Erfahrungen mit der orthodoxen Medizin bewegen ihn zur Aufgabe seiner Praxistätigkeit für eine Zeit von ca. acht Jahren (Brief an Hufeland 1808). 

Er widmet sich dem Studium der Chemie, Pharmacie und Medizin. Arbeiten wie "Anleitung, alte Schäden und faulige Geschwüre gründlich zu heilen" (Leipzig 1784) sowie "Über Arsenikvergiftung, ihre Hülfe und gerichtliche Ausmittelung" (Leipzig 1786) belegen seine dauernde Auseinandersetzung mit Pharmakologie und Medizin. Lues und Gonorrhoe spielen eine große Rolle innerhalb der täglichen Praxis seiner Zeit. Aber auch banale Infektionskrankheiten wie Scharlach etc. werden massenhaft und drastisch nach Schulbuchlehren von den Ärzten im 18.Jahrhundert abgefertigt. 

Hahnemann aber beobachtet den Zusammenhang zwischen der Wirkung von Mercurius und der Behandlung von Lues. Er lernt Belladonna als vorzügliches Heilmittel bei Scharlach kennen. Mittlerweile zweifelt er nicht nur an der orthodoxen barocken Medizin. Er lehnt sie ab! Zunehmend wird er zum Zankapfel seiner medizinischen Zeitgenossen. 

Ihm fällt auf, daß Kranke sehr sensibel auf Reize reagieren. Dies wird erst später durch das "Arndt-Schulz´sche Gesetz" verifiziert. Zu Beginn seiner pharmakologischen Studien sind Verdünnungen von Giften nötiger Bestandteil seiner Versuche. Er bemerkt allerdings auch, daß die Wirkung in einem reziproken Verhältnis zu der Verdünnung steht (Gedanke der Potenzierung). In einer Zeit, in der mehr oder weniger  konzentrierte Verdünnungen von Pharmaka  die ärztliche Praxis beherrschen, rütteln seine Ideen hoher Verdünnungen von Substanzen an den Grundfesten der herkömmlichen Medizin. 

Seine Wegentwicklung von den in dieser Zeit gebräuchlichen Grundgedanken der Medizin spiegelt sich wieder in seiner Arbeit "Unterricht für Wundärzte über venerische Krankheiten" (1789 Leipzig). Ein Jahr später, während der Übersetzung von Cullens "Materia Medica" (1790), verändert sich bei der Bearbeitung von "China regia" sein persönliches Verständnis von Heilkunde. Cullen erklärt die Wirksamkeit der Chinarinde bei bestimmten Formen der Malaria mit "Stärkung des Magens" durch die adstringierenden Wirkstoffe der Pflanze. Hahnemann prüft die Arznei an sich selbst und widerspricht dieser Auffassung entschieden. Die Ergebnisse seiner Experimente decken sich mit den Beobachtungen über den Gesundheitszustand der Arbeiter in Fabriken, die "China" bearbeiten, und nicht etwa mit Cullens Deutungsversuchen. 

In den nächsten zehn Jahren belegt Hahnemann durch zahlreiche Veröffentlichungen in Hufeland´s Journal seine nachgeprüfte Erfahrung in  Pharmakologie und Medizin. Zwischen 1793 und 1799 gibt er ein Lexikon für Apotheker heraus. Durch seine Schrift "Heilung und Verhütung des Scharlachfiebers" (Gotha 1801) und die damals umstrittene Abhandlung "Über die Kraft kleiner Gaben der Arzneien überhaupt, und der Belladonna insbesondere" (Hufeland´s Journal Bd. 6, 1801) verschafft er sich bei dem größten Teil seiner Kollegen einen eigenartigen Ruf. 

Einer seiner größten Widersacher soll über ihn gesagt haben: "Hahnemann wäre ein großer Chemiker geworden, wenn er sich nicht dazu entschieden hätte, ein großer Quacksalber zu werden." 

Aber diese Kritik entbehrt der Grundlage; denn Hahnemann belegt an der Kasuistik seines Patienten Klockenbring, daß er hervorragende ärztliche Fähigkeiten besitzt. 

"Striche zur Schilderung Klockenbrings während seines Trübsinns" (Deutsche Monatsschrift Februar 1796) (Stramonium-Fall) 

In diesem Jahr bündeln sich seine Gedanken erstmalig in Form eines theoretischen Konzepts. 

1796 ist das Geburtsjahr der Homöopathie. 

Hahnemann veröffentlicht in Königlutter seine Arbeit: "Versuch über ein neues Prinzip zur Auffindung der Heilkräfte der Arzneisubstanzen nebst einigen Blicken auf die bisherigen" (1796 Königslutter, Hufelands Journal BD. II) 

Diese Arbeit ist Grundlage für das "Organon der rationellen Heilkunde" (Leipzig 1810). 

1805 befindet sich Hahnemann in krassen Wiederspruch zur orthodoxen Medizin. Seine revolutionäre Arbeit über die Prüfung von Arzneien an Gesunden: "Fragmenta de viribus medicamentorum positivis sive in corpore sano observatis" (1805 Leipzig), Grundlage für die "Reine Arzneimittellehre" (1811 Dresden), wird begleitet durch "Aesculap auf der Wagschale" (Leipzig 1805) sowie "Heilkunde der Erfahrung" (Leipzig 1806). 

In den nun folgenden Jahren entwickelt Hahnemann Theorie und Praxis der Homöopathie weiter zu einer in sich geschlossenen Therapie. Er steht in regem Kontakt mit den medizinischen Autoritäten seiner Zeit. Zwischen 1811 und 1821 hält er Vorlesungen über Pharmakologie in Leipzig. Seine Habilitation trägt den Titel "De Helleborismo veterum" (Über die Christrose bei den Alten) Leipzig 1812. Um den Doktor schart sich eine Gruppe von Ärzten und Wissenschaftlern, die der Homöopathie fasziniert, aber auch skeptisch gegenüberstehen - und die an sich Arzneien homöopathisch prüfen. 

Professor Hecker aus Berlin beginnt 1810 das öffentliche Kesseltreiben gegen Hahnemann. Seine Kritik an Hahnemann faßt er in einer derart rüden und beleidigenden Form ab, daß sich das Lager endgültig spaltet. Die Allopathen sehen einen Scharlatan in ihren Reihen. Die Apothekerzunft befürchtet Umsatzeinbußen. Feldmarschall Prinz Schwarzenberg begibt sich im Jahre 1819 in Hahnemanns Behandlung und stirbt nach Diätfehlern und Aderlässen - er hatte die Behandlung abgebrochen 1820. Die Situation in Leipzig spitzt sich immer mehr zu. Hahnemann verläßt Leipzig und zieht auf Einladung des Fürsten Ferdinand von Anhalt-Köthen nach Köthen. Im Alter von sechsundsechzig Jahren (1821) findet Hahnemann in Köthen erstmalig einen Platz, an dem er lange Jahre lebt und ausschließlich homöopathisch praktiziert. Seine Frau stirbt 1830. Hahnemann lebt mit seinen Töchtern zusammen. Seit dieser Zeit hat er nie mehr die wirtschaftlichen Sorgen der jungen Jahre. Er formuliert in diesen  Jahren das Organon für die Fassung letzter Hand (sechste Auflage). Er entwickelt seine bis heute umstrittene Theorie der Miasmen und veröffentlicht seine Arbeit: "Die chronischen Krankheiten, ihre eigentümliche Natur und homöopathische Heilung" (1. Auflage 1828-1830 Leipzig) . 

Im Jahr 1829 kann Hahnemann mit seinen Schülern sein fünfzigjähriges Doktorjubiläum feiern. Es werden eintausendzweihundert Taler für die Errichtung eines Homöopathischen Krankenhauses gesammelt. 

Während der Choleraepidemie um das Jahre 1831 veröffentlicht er mehrere Schriften über die "Heilung der asiatischen Cholera" und bestimmt hier die (später ) verifizierten homöopathischen Arzneien für die Behandlung von Cholera, ohne selbst je einen Fall gesehen zu haben. 

Im Jahr 1835 bekommt Hahnemann Besuch von der französischen Malerin Melanie d´Hervilly. 

Er erliegt im hohen Alter von achtzig Jahren dem Charme dieser jungen Frau, heiratet sie und verläßt Köthen zusammen mit ihr, um in Paris zu praktizieren. Hier widmet er sich einer extensiven, sehr erfolgreichen Praxis, beeinflußt die französische Homöopathie und beendet das Manuskript der sechsten Auflage des Organons. 

Hahnemann stirbt am 2. Juli 1843. Er wird auf dem Friedhof von Montmartre begraben. Im Jahre 1898 wird seine Leiche exhumiert. Seine endgültige Ruhestätte findet er auf dem Friedhof Pere Lachaise in Paris unter den "Unsterblichen Frankreichs" (Im Friedhof rechts durch die Avenue de la Chapelle und dann links dem Chemin de Bassin folgend, in der Sektion neunzehn).